浪客剑心剧场版给维新志士的镇魂歌全集动画讲述的是在明治十年,绯村剑心，阿薰，以及左之助和弥彦专程座火车来到横滨,他们看到几个外国士兵正在欺负一位年轻姑娘，剑心和左之助出手帮助武士时雨泷魁教训了外国士兵。事后,剑心和时雨都有相见恨晚的感觉，成为相互敬重的好朋友。剑心等人突然听见巨大的爆炸声,原来是英国大使馆被反明治政府的叛乱分子袭击,陆军指挥官田母野成功的镇压了叛乱。回东京前,剑心从阿薰口中得知被救的女孩儿叫高槻朱鹭，这个姓氏令剑心想起自己曾经杀死的一名叫严达的剑士。时雨来到东京,集结反明治政府的人士，准备发动内乱推翻明治政府，他们的目标是将来访的英国贵宾杀死而令明治政府混乱。此时，剑心知道朱鹭果然是严达的妹妹，为防止悲剧再次发生，剑心下定决心阻止时雨的错误行为。时雨发动袭击，双方都死伤惨重，千钧一发之际救下贵宾的剑心被迫与时雨交手，交战中，时雨发现剑心就是杀死严达的刽子手拔刀斋，悲愤之余邀剑心决一死战。剑心为救时雨说服陆军统帅，独自一人前去解决事情，经过决斗，时雨败于剑心的剑下，终于明白了好友严达的心意。本来是时雨能和朱鹭一起好好生活下去的结局,却被田母野打碎。原来，他才是一切的幕后操纵者。他下令枪杀在场的所有人，时雨为了保护朱鹭而中弹身亡，剑心虽将田母野打倒，出卖时雨的叛徒加治木，也被贯彻'恶即斩'的斋藤一所杀，可到头来还是以悲剧收场……
