怪兽在巴黎故事发生在1910年，当时巴黎正遭遇世纪洪水的侵袭，塞纳河水淹没了城市的大街小巷，有着妖娆身材的漂亮女主人公吕希尔（Lucile）心地善良，她以在咖啡馆里卖唱为生，遇到一只由虱子变成的巨人弗朗哥儿（Francoeur），因过于庞大而臃肿的外形，弗朗哥儿被人认为是一个具有强大破坏力的妖怪，受到利欲熏心的警察的追捕。吕希尔看到妖怪外形下掩藏着的一颗善良和脆弱的心灵，决定把他藏在自己位于蒙马特高地的小屋里，并与前来的警察周旋。情节曲折，惊险又浪漫。随着剧情的发展，动画将人带到许多"幻想"和“制作”出来的巴黎的著名景点，包括蒙马特高地，植物园，当然少不了在1900年的巴黎世界博览会上出尽风头的埃菲尔铁塔。
